Le GDR BioInformatique Moléculaire organise des journées du 20 au 24 novembre 2023 à Lille, comprenant une journée scientifique plénière le 22/11 commune à l’ensemble des groupes de travail (GT) dont le thème est “Apprentissage pour la bioinformatique” et des journées spécifiques à chaque GT. A noter la journée du groupe machine learning pour la génomique (LEGO) le 23 novembre.
Journée StatOmique le 21 novembre
Dans l’esprit d’échange et de partage cher à StatOmique, les contributions prennent différentes formes de la communication orale classique ou très informelle en passant par un tutoriel et une session poster.
Invités
Arnaud Gloaguen (Centre National de Recherche en Génomique Humaine, Institut François Jacob, CEA, Université Paris-Saclay) animera un tutoriel sur l’analyse de données multi-blocs avec le package R {RGCCA}. | |
Etienne Thévenot (CEA, INRAE, Université Paris-Saclay, MetaboHUB) présentera ses travaux récents dans les domaines de l’intégration des données et l’apprentissage profond. |
Programme
9h30 Accueil - café
10h Introduction
10h15-12h15 Arnaud Gloaguen (Centre National de Recherche en Génomique Humaine, Institut François Jacob, CEA, Université Paris-Saclay), Regularized Generalized Canonical Correlation Analysis (RGCCA), a flexible framework for multiblock (and multiway) data analysis: case study on a cohort of Major Depressive Disorder (MDD) patients and controls.
- 12h15-12h30 Estelle Chatelain, Intégration de données omiques sur une cohorte de patients obèses/diabétiques, retour d’expériences d’utilisation de
MixOmics::DIABLO
etrgcca
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- 12h30 - 14h30 Pause déjeuner et Session posters
- 14h30-15h30 Etienne Thévenot (CEA, INRAE, Université Paris-Saclay, MetaboHUB), Sciences des données métabolomiques pour la santé
- 15h30-16h Silvia Bottini, HIVE: a novel tool for Horizontal multi-omics Integration analysis using Variational AutoEncoders
- 16h-16h30 Pause café
- 16h30-16h45 Julie Aubert, présentation de la “CRAN Task View: Genomics, Proteomics, Metabolomics, Transcriptomics, and Other Omics”
- 16h45-17h30 Perspectives du GT StatOmique et conclusion de la journée
Comité de programme et d’organisation
Julie Aubert, Marie-Agnès Dillies, Christelle Hennequet-Antier, Guillemette Marot